In quegli anni l'intera provincia di Bergamo fu sconvolta dalle lotte fratricide tra le fazioni guelfa e ghibellina tanto che nella zona, precedentemente interessata soltanto da piccoli insediamenti abitativi sparsi, si verificò una notevole immigrazione di gruppi di persone in fuga che cercavano riparo in queste terre isolate e tranquille. Ben presto però la situazione si fece pesante anche qui, tanto che venne costruito un castello al fine di proteggere gli abitanti del borgo dalle incursioni.

 

Numerose furono le battaglie, tra le quali si distinse il guelfo Giovanni Fermo degli Alessandrini, che riportò numerose vittorie nei confronti delle fazioni ghibelline dei vicini paesi di Villongo e della Val Cavallina.

 

Nel corso del XIV secolo il territorio passò sotto il dominio della famiglia dei Calepio, che prese possesso di quasi tutta la valle. Il secolo successivo vide l'arrivo della Repubblica di Venezia che pose definitivamente termine alle lotte di fazione. Fu un periodo di calma, in cui Adrara ritrovò la tranquillità e vide rifiorire le attività economiche, con un conseguente incremento demografico.

 

Nuovi screzi intanto cominciavano a crearsi tra le due anime della popolazione, spinte questa volta da motivazioni territoriali: il borgo più a monte, raggruppato sotto la parrocchia di San Rocco, in contrapposizione con quello posto più a valle, riunito attorno alla chiesa di San Martino.

 

Quest'animo campanilistico portò, nel 1668, alla suddivisione del territorio di Adrara in due differenti entità: Adrara San Rocco ed Adrara San Martino. Tuttavia le questioni legate alla suddivisione del territorio trascinarono la questione per quasi un secolo, dato che la formalizzazione dell'avvenuta divisione è datata 1754, e si risolse con l'assegnazione dei quattro noni del territorio alla comunità di San Rocco, ed i restanti cinque noni a quella di San Martino.

 

Nei secoli successivi non si verificarono avvenimenti di rilievo per la comunità, che fu riguardata solo marginalmente dagli avvicendamenti tra la dominazione francese e quella austro-ungarica, fino all'avvento del Regno d'Italia.

 

Tra i personaggi originari del luogo si segnala il cardinale Guglielmo Longo degli Alessandri, alto prelato che operò in Vaticano ed anche presso la sede papale di Avignone; Giuseppe Bresciani, un notaio che partecipò alla spedizione dei Mille, che le cronache riportano ferito negli scontri a Calatafimi, appena dopo lo sbarco in Sicilia, e Eugenio Donadoni (1870-1924), poeta e critico letterario.

 

Il comune faceva parte del comprensorio della Comunità Montana del Monte Bronzone e Basso Sebino accorpata nel 2009 alla Comunità Montana dei Laghi Bergamaschi.