Un tratto di muro in opera poligonale sembra attestare la presenza di un centro preromano. Il centro romano, sviluppatosi come colonia, si trovava probabilmente nella zona orientale dell'attuale paese (piazza di San Sebastiano e chiesa di San Pietro), dove sono stati rinvenuti tratti di muri antichi e una cisterna (cicerara) che raccoglie le acque di una sorgente.

 

Fonti storico ne attestano l'esistenza nel V, VI ed VIII secolo, fino a quando nel X secolo l'Oppida fu donata a Subiaco. Nel X secolo un villaggio era sorto in corrispondenza dell'oppidum romano, dove si trovava già la chiesa di San Pietro. Vi sorsero poi anche le chiese di Sant'Angelo supra cisternam e di Santa Maria di Affile, quest'ultima parrocchia sottoposta al vescovo di Palestrina Nel territorio erano sparse numerose case coloniche.

 

Al 1013 risale la prima menzione del castello o castrum di Affile, che nel 1084 era in possesso di Ildemondo di Affile. Nel 1109 papa Pasquale II prese il castello e lo cedette all'abate del monastero di Santa Scolastica a Subiaco. In seguito Ildemondo riottenne in feudo dall'abate Affile, a cui si aggiunse anche Ponza (oggi Arcinazzo Romano). Il castello ritornò in potere dell'abbazia nel 1176. e fu in seguito in possesso degli Altieri e dei Braschi.