L'aggregato è legato al nome di Marchisia Prefoglio, consorte di Federico I Chiaramonte, con l'autorità del figlio Manfredi, conte di Modica, siniscalco del Regno e procuratore dell'ente religioso. La fondazione giuridica e la documentazione notarile dell'istituzione risale al 27 agosto 1299. Agostino Inveges, Tommaso Fazello, Francesco Maurolico e Rocco Pirri documentano le strutture anteriori all'erezione canonica, il palazzo, residenza nobiliare della famiglia Chiaramonte, ospitava già una comunità di religiosi alla morte del capostipite del potente casato.

 

Il primitivo Steri era tra i maggiori monumenti edificati dai Chiaramonte ad Agrigento assieme allo Steri grande autorizzato dall'arcivescovo Bertoldo di Labro e costruito sul piano della cattedrale - oggi sull'area insiste il Seminario Vescovile - mentre lo studio recente di fonti documentali pone in luce l'interesse del casato sulle originarie fabbriche dei conventi di San Domenico e di San Francesco. Con la ramificazione del nucleo familiare e la maggiore influenza assunta nel campo politico e amministrativo nella gestione del Regno, gli stessi esponenti furono i promotori della costruzione a Palermo dell'Hosterium Magnum in piazza Marina, del chiostro di San Domenico, della chiesa di Sant'Agostino, della chiesa di San Francesco d'Assisi e di altri poli monumentali minori.

 

L'inizio del XVIII secolo segna la grande trasformazione degli interni secondo i canoni del barocco e lievi contaminazioni rococò per opera del palermitano Giacomo Serpotta. Il coro in origine compreso nel presbiterio è trasferito nella controfacciata con la realizzazione della cantoria. L'arco e la parete presbiterale di fondo sono animate da personaggi e schiere d'angeli che librano sospesi su raffigurazioni nuvoliformi. Le pareti sono scandite da lesene scanalate che ripartiscono il corpo dell'aula di predicazione in quattro partizioni ciascuna, alternando un altare ad un altorilievo in stucco raffigurante una scena dell'infanzia di Gesù, ciascun teatrino coronato da gruppi di paffuti putti nelle più bizzarre attitudini e mimica giocosa.

 

Un elaborato cornicione con camminamento protetto da gelosie corre lungo tutto il perimetro, chiudono le superfici corrispondenti alle finestre - aree altrettanto decorate di stucchi - e un raffinato tetto ligneo a cassettoni. Tutte opere verosimilmente realizzate durante il soggiorno agrigentino dell'artista nel periodo compreso tra il 1693 e il 1708. In questo arco temporale, per opera dello stesso artista, è contestualmente realizzato l'apparato decorativo plastico presente nella chiesa del Purgatorio.

 

Immediatamente dopo l'Unità d'Italia l'intero stabile fu requisito dallo Stato con l'emanazione delle leggi eversive. In seguito l'intera ala volta sud è stata riconsegnata alle monache benedettine dell'ordine cistercense.

 

L'aggregato frutto di riedificazioni, adeguamenti, adattamenti ed integrazioni, durante i bombardamenti della seconda guerra mondiale (8 - 16 luglio 1943) nel corso di un raid aereo del lunedì 12 fu danneggiato, in particolar modo il monastero.

 

Negli ultimi anni intensi lavori di restauro hanno recuperato la chiesa e gran parte delle strutture del monastero che attualmente ospitano alcune sezioni del Museo Civico di Agrigento e sono destinate a diventare un importante centro polifunzionale e sede di altre sezioni del museo.

 

La facciata propria del tempio è una porzione di prospetto più esteso, che comprende sul lato destro dell'osservatore, anche la sezione appartenente al monastero. Il manufatto è costituito da un portale gotico a sesto acuto - caratterizzato da vari ordini di strombature - come unico varco d'accesso, sormontato da un oculo risalente al tempo della fondazione. Nell'ultimo ordine chiude la prospettiva il complesso delle torrette con tre campane arricchito da volute, vasi acroteriali e croce apicale.

 

Nella controfacciata, al di sopra dell'ingresso vi è la cantoria protetta da gelosie, sorretta da doppia coppia di colonne. Sulla parete di sinistra, dentro una nicchia, subito dopo l'ingresso, è collocata la statua in marmo della Madonna del Fonte raffigurata col Bambino, opera di scuola gaginesca.