Lungo il perimetro dell'area archeologica sono visibili le antiche mura di cinta che, seguendo l'orografia della zona, hanno un andamento piuttosto frastagliato. Le mura non presentavano torri, solo alcuni baluardi, e si aprivano in corrispondenza delle quattro porte. Sull'Acropoli, oltre alle succitate capanne morgetiche, si trovano i resti più antichi della città, compresa l'area sacra. L'area sacra comprende dei piccoli templi ed il naiskos arcaico, un grande tempio lungo all'incirca 32 metri risalente al VI secolo a.C. Ai piedi della collina dell'Acropoli si trova il quartiere residenziale. Qui sono state rinvenute lussuosi esempi di abitazioni con pavimenti a mosaico e pareti affrescate: la Casa del Capitello Dorico, famosa per la sua iscrizione musiva EYEKEY (Stai bene!) sul pavimento in cocciopesto; la Casa di Ganimede, che prende il nome dal mosaico rinvenuto al suo interno raffigurante il ratto di Ganimede; altre abitazioni degne di nota sono la Casa dei capitelli tuscanici e la Casa del Magistrato, entrambe con decorazioni musive e parietali.

 

La zona più interessante di Morgantina è certamente l'Agorà, disposta su due livelli (quello inferiore riservato ai riti sacri, quello superiore per fini commerciali e pubblici) collegati da una grande scalinata. Quest'ultima è molto particolare perché consta di tre lati che formano così in basso uno spazio probabilmente usato per le riunioni cittadine, come Ekklesiasterion, o per momenti di culto vista la vicinanza con il Santuario delle Divinità Ctonie, Demetra e Kore. Contemporaneo alla scalinata è senza dubbio il Teatro Greco. La sua cavea semicircolare consta di 15 gradini ed è suddivisa in sei settori; è probabile che le scalinate in pietra continuavano con delle strutture in legno per aumentare la capienza del teatro (5000 posti circa). Il Santuario delle Divinità Ctonie ha una pianta trapezoidale ed è all'interno di questo edificio che sono stati rinvenuti dei busti votivi policromi che raffigurano Demetra. Accanto al teatro greco, più a est, si trova il granaio pubblico; risalente al III secolo a.C. ha una pianta rettangolare. I resti di due fornaci all'interno dell'edificio sono la prova dell'esistenza in città di fabbriche di vasi in ceramica.

 

La terrazza superiore dell'Agorà è delimitata da tre portici monumentali con colonne (stoà); uno con funzione di ginnasio, uno adibito a fini commerciali, l'altro per riunioni pubbliche. Al centro di questa terrazza dell'Agorà si trova il Macellum, del II secolo a.C. ; l'edificio ha pianta quadrata ed è l'esempio più antico di macellum a noi pervenuto. I reperti archeologici rinvenuti nell'area archeologica di Morgantina sono conservati nel piccolo ma interessantissimo Museo archeologico nella vicina Aidone. I reperti custoditi vanno dall'età del Ferro al I secolo a.C.