Tutta la documentazione scritta in nostro possesso assegna a San Michele Arcangelo l'intitolazione della Cattedrale ingauna. Una tradizione vuole che per la via che da Albenga porta ad Alassio ci fosse un serpente che uccideva chiunque passasse. La popolazione fece una processione pregando san Michele Arcangelo di uccidere il serpente. Durante la notte si vide un bagliore provenire dal cielo e dirigersi verso un punto della strada; la popolazione accorse in fretta, e trovarono il serpente ucciso.

 

La protezione di San Michele era diffusa in epoca longobarda, quando il popolo in armi invocava il Santo e alla cui effigie giurava fedeltà prima del combattimento. Tuttavia la proliferazione del culto è di epoca bizantina, e all'epoca la città di Albenga aveva rapporti commerciali stretti con l'Impero bizantino, quindi l'intitolazione della Cattedrale a San Michele ci può collocare alla sua prima edificazione.

 

Tuttavia sono emersi documenti per i quali si è pensato che per qualche tempo potesse essere stata attribuita a San Giovanni: il primo documento è del 1076 e trattava la compravendita di un mulino, nel quale viene citata la presenza di undici milites Sancti Iohannis. È del 1103 il documento attraverso il quale il vescovo di Albenga donava all'Abbazia di Lerino delle chiese nei dintorni di Porto Maurizio, la donazione prevedeva uno quoque anno aecclesia Sancti Iohannis ac Sancti Michaelis Albinguinensis aecclesie reddat solidos duos...; tale documento però non dà la doppia denominazione alla Cattedrale, ma parla di due strutture separate. Ancora documenti pervenutici anche dai templari annoverano la chiesa di San Giovanni. Questo però è stato spiegato analizzando tutta la documentazione, cioè il complesso cattedrale-battistero è stato realizzato assieme, ed è probabile che il battistero stesso venne intitolato a San Giovanni Battista come luogo di battesimo e che la diocesi si riferisse a questa struttura come uno dei principali luoghi di riferimento episcopali.

 

È da rilevare come Albenga avesse il suo nome legato a quello di santi-militari, da San Calocero a San Martino, ma anche nella chiesa di San Giorgio, o nei ritrovamenti della chiesa di San Teodoro, poiché le fortificazioni realizzate da Costanzo crearono una città militarizzata nel periodo bizantino.

Situata nel centro storico della città medievale di Albenga, la fondazione del primitivo edificio di culto è risalente alla ricostruzione della città, avvenuta per opera di Costanzo tra la fine del IV secolo e l'inizio del V secolo, al centro della città romana (I secolo a.C.) e sorge sul sito di quella paleocristiana. Con la ricostruzione della città si può presumere che queste aree fossero occupate da altri edifici, ma per creare di Albingaunum una città simbolo del rinnovamento romano, venne costruito il complesso battistero-cattedrale nel cuore della città antica. Difatti il battistero attuale, che viene datato tra l'inizio del V secolo e la fine dello stesso farebbe da base per la realizzazione del primo impianto della cattedrale stessa. Sapendo che il primo vescovo a noi noto, Quintus, scriveva nel 451 al metropolita milanese, è ovvio pensare che questi per essere vescovo dovesse avere anche una cattedrale, che però potrebbe non essere la stessa di oggi, ma trovarsi fuori le mura; Albenga aveva una comunità cristiana assai nota e florida da tempo, fortificatasi dapprima con il martirio di San Calocero e la realizzazioni di un complesso minimo sulla sua tomba, e in seguito con la presenza di San Martino di Tours che risiedette qua sull'isola Gallinara. Pertanto si ha la certezza di una viva, attiva e anche potente comunità cristiana, che aveva sicuramente diversi luoghi di culto nati prima della cristianizzazione totale della comunità fuori dalle mura cittadine, anche se a oggi non esiste nessun ritrovamento archeologico tale da poter confermare tale ipotesi che gli studiosi hanno ormai confermato da tempo.

 

Durante gli scavi sono stati rinvenuti nella cattedrale delle epigrafi tombali, la prima di Benedictus attribuita al V secolo, poi quella del diacono Donatus del 571 o 573, quindi quella di Iustus diaconus della seconda metà del V secolo. Da qui fino all'anno 1000 non si hanno notizie documentali che riguardano la cattedrale. Nel VIII e IX secolo vengo realizzati alcuni degli apparati decorativi di cattedrale e battistero che denotano un elevato livello artistico e una raffinata esecuzioni, della scuola delle Botteghe delle Alpi Marittime.

 

Fino all'XI secolo la cattedrale era a una sola navata, con quelle laterali dedicate alle sepolture, con una facciata realizzata in blocchetti di pietra di Pogli e con due finestre a oculo ancora visibili e la presenza di un porticato con i resti addossati a essa, realizzati tra la fine di questo secolo e quello successivo. Una sua riedificazione avvenne intorno al 1100, sui resti dell'antica chiesa paleocristiana, e ancora nella seconda metà del XII secolo.

 

Mentre il riferimento a San Giovanni riguardava unicamente gli atti di sola partecipazione della diocesi, San Michele assume in questo periodo l'importanza diventando la chiesa di riferimento per tutti gli atti che riguardano la sfera comunale, dove a tutti i principali atti vescovili partecipano i consoli, ma anche con l'estrazione tra i membri dell'élite comunale dei membri del collegio canonicale: il capitolo, oltre a costituire il naturale gruppo dirigente legato al vescovo, è in particolare espressione della società cittadina. Nella sentenza del 1196, in cui sono elencate le maggiori istituzioni ecclesiastiche di Albenga, San Michele è nominata per seconda, è però in San Michele che l'atto viene ratificato in pubblico parlamento, come del resto avviene nel 1199 con la solenne convenzione tra la città di Albenga e quella di Genova. Il parlamento cittadino è in San Michele, e qui vengono redatti molti documenti, assorgendo al ruolo di ecclesia matrix, prima tra le chiese delle diocesi. Nella piazza davanti, con dimensioni simili a quella attuale si svolgeva il mercato cittadino con al piano terreno le botteghe del grano; nell'attuale piazza dei Leoni erano presenti invece i commercianti e gli artigiani di pellami, ma anche del vino e delle spezia. La situazione centrale del ruolo della cattedrale viene sancita negli Statuti del 1288.

Un primo studio sull'antico impianto paleocristiano fu intrapreso tra il 1964 e il 1967, dove si appurò che la struttura fu a pianta basilicale e molto ampia; nello scavo archeologico sono state scoperte le basi di due colonne che arricchivano l'altare.

 

Dopo la conquista del 643 del re longobardo Rotari della Liguria, la cattedrale fu ridotta, sovrapposto al secondo pavimento del VI secolo, è stato realizzato un terzo livello pavimentale solo nella navata centrale, la due navate laterali erano rimaste esterne alla chiesa e servivano come luogo di sepoltura, probabilmente privilegiato. Questo è significativo in quanto fa capire un momento di ricostruzione ma che la popolazione era più povera e in numero minore e pertanto non si poteva avere una sala amplia.

 

Grazie alla divisione del territorio ligure in marche, che permise una maggiore importanza per Albenga e la sua diocesi, l'impianto fu riedificato nell'XI secolo in forme protoromaniche, a unica navata e con cripta. Le fasi di questa riedificazione sono ancora oggi visibili nella muratura inferiore della facciata.

 

L'attuale struttura della cattedrale è opera della nuova riedificazione avvenuta alla fine del XII secolo, anche se alcune fonti sposterebbero tale intervento ampliativo nei primi decenni del XIII secolo, che riportò la pianta dell'edificio all'originale (a pianta basilicale), con la sostituzione dei muri longitudinali con nuove colonne con archi a tutto sesto acuto. Della documentazione medievale poco è arrivato ai nostri giorni, non conoscendo pienamente come fosse tenuta la cattedrale.

 

Nel primo Cinquecento il domenicano Giacomo Salomonio fa crescere l'attenzione del ceto colto sull'antichità ingauna, tra questi eminenti ricercatori si fanno notare Bernardo Ricci e Nicolò D'Aste; del frate è arrivato a noi un appunto che segnala le pessime condizioni in cui era la cattedrale. Nuove modifiche alla struttura furono intraprese nel 1582 sotto il vescovo ingauno Luca Fieschi, su sollecito del visitatore apostolico Nicolò Mascardi, adeguando l'impianto alle nuove disposizioni della controriforma. I lavori consisterono nella sopraelevazione del pavimento di circa 1 metro, per adeguarlo a quello della piazza antistante la chiesa, il conglobamento delle colonne in pilastri, nella demolizione del tetto in legno con la sostituzione delle coperture con nuove strutture voltate, si decise di costruire una volta a botte nella navata centrale e delle volte a crociera nelle due navate laterali; furono inoltre aggiunti nuovi punti luce per l'illuminazione della cattedrale e nuovi elementi decorativi, stucchi e sculture, nelle balaustre e negli altari. Vennero costruite delle cupole sui bracci laterali del transetto, si modificarono le finestre; vennero demoliti gli archi acuti della navata centrale sostituendoli con archi policentrici posti più in alto.