Per la fase del neolitico recente (3500 a.C.-2700 a.C.) sono presenti tombe sotterranee come le domus de janas in gruppi o in necropoli, tra cui la necropoli di Anghelu Ruju, appartenenti alla cultura di Ozieri.

 

I numerosi ritrovamenti (vasi, statuette di dea madre, armi, vaghi di collana ed altro ancora) permettono di ascrivere la necropoli al Neolitico finale (cultura di Ozieri 3200-2800 a.C.) e attestano il suo utilizzo fino nell'età del Rame e del Bronzo (culture di Abealzu-Filigosa, di Monte Claro, del vaso campaniforme e in seguito alla cultura di Bonnanaro dell'età del bronzo antica c.1800-1600 a.C.), a cui appartiene la sepoltura di monte San Giuliano.

 

Nell'età nuragica il territorio algherese è intensamente popolato con 90 nuraghi individuati (densità di 0,40 per km²), circa un terzo dei quali ormai scomparsi. La maggior parte sono a singola torre e tutti sono costruiti in pietra locale, come calcare, arenaria e trachite. Sono inoltre presenti diversi villaggi, per la maggior parte collegati ai nuraghi, dove sono state rinvenute ceramiche protocorinzie e fenicie, a testimonianza dei rapporti commerciali intrattenuti con le altre regioni mediterranee. Per le sepolture sono invece scarse le tombe dei giganti, solo cinque forse a seguito del riutilizzo delle più antiche Domus de Janas. A questa fase appartengono le necropoli ipogeiche di necropoli di Santu Pedru e la prosecuzione di quella di Anghelu Ruju, e i villaggi nuragici di Palmavera e di Sant'Imbenia.

 

La presenza fenicia è scarsa, legata alla necropoli punico-romana di Sant'Imbenia, come in tutto il nord della Sardegna e in età romana la vita continua senza apparente soluzione di continuità. Alcune ville rustiche sono testimoniate in prossimità dei nuraghi, come la villa romana di Santa Imbenia. Ex-voto di epoca romana e vasche in opera cementizia attestano la continuazione del culto presso un pozzo sacro nuragico in località "La Purissima". Il ponte romano di Fertilia sul canale che unisce lo stagno di Calich al mare, in origine a 24 arcate, collegava il Ninpheus Portus con la stazione romana di Carbia e venne ristrutturato in epoca medievale. Nel 2007, alle pendici di monte Carru, collina adiacente alla località La Purissima, è venuta alla luce una necropoli con oltre 400 tombe databili tra il periodo repubblicano ed imperiale.

 

La nascita dell'odierna città di Alghero viene tradizionalmente fatta risalire ai primi del XII secolo, quando alla nobile famiglia genovese dei Doria venne concesso di fondarne il primo nucleo storico nella costa sguarnita della curatoria di Nulauro nel Giudicato di Torres. È incerto se fosse presente qualche insediamento precedente, magari legato alle vicende delle incursioni saracene. Secondo alcuni studiosi, tra cui l'archeologo dell'Università di Sassari Marco Milanese, la fondazione della città da parte dei Doria sarebbe tuttavia da postdatare di circa 150 anni, intorno alla metà del XIII secolo.

 

La posizione strategica e la presenza di una ricca falda acquifera, testimoniata dai pozzi ancora presenti in alcune case, permise la crescita della città e ne accrebbe l'importanza strategica. Per circa un secolo, restò nell'orbita della repubblica marinara; nel 1283, i pisani riuscirono a conquistarla e la tennero fino al 1284, quando, all'indomani della sconfitta pisana della Meloria, i Doria rientrarono ad Alghero.

 

Cessata la terribile epidemia di peste nera che colpì anche la Sardegna nel 1347, nel 1350 alcuni discendenti dei Doria vendettero i propri diritti a Pietro IV d'Aragona, che stava realizzando territorialmente il neonato Regno di Sardegna, mentre i restanti discendenti cedettero i propri diritti alla Repubblica di Genova nel 1353: questo portò inevitabilmente a uno scontro fra le due fazioni, aragonesi da un lato, genovesi, in seguito alleati con gli arborensi, dall'altro.

 

Il 27 agosto del 1353, gli aragonesi ebbero la meglio nella battaglia navale nella baia di Porto Conte, tanto che il 30 agosto il comandante Bernardo de Cabrera poté entrare trionfalmente ad Alghero. Questa vittoria fu tuttavia effimera perché già il 15 ottobre dello stesso anno i Doria la riconquistarono. Il 22 giugno del 1354, vi fu uno sbarco in forze condotto da Pietro il Cerimonioso, che pose sotto assedio la città. L'assedio non diede i risultati sperati; tuttavia, il 16 novembre, a margine delle dure condizioni di pace imposte da Mariano IV d'Arborea, che era sceso in guerra al fianco dei Doria, Pietro IV riottenne con la diplomazia il controllo della città, che quindi vide senza ulteriori scontri la sostituzione della popolazione sardo-ligure originaria, deportata nella penisola iberica e nelle Baleari come schiavi, con nuovi coloni catalani allettati dai privilegi concessi loro dalla Corona d'Aragona; ciò fece nascere in questi un forte sentimento di coesione etnica e, allo stesso tempo, di alterità nei confronti dei sardi autoctoni che, a partire dal XVI secolo in poi, sarebbero entrati a far parte della città. A questa data risale la nascita dall'odierna identità culturale di Alghero e del dialetto cittadino, varietà del catalano orientale ancora parlato.

 

Nel 1355, la città ottenne lo stemma comunale. In quello stesso anno, a causa di un periodo di crisi economica ed alimentare la città fu interessata da traffici commerciali che la rifornivano: tra i mercanti coinvolti in questa attività anche il noto scrittore Giovanni Boccaccio. Nel 1372 venne respinta una sollevazione che culminò con l'espulsione degli ultimi abitanti ribelli.. Alghero, come Cagliari, non fu mai espugnata dalle armate giudicali nel corso dei numerosi decenni di guerra. Nella notte fra il 5 e il 6 maggio 1412 l'ultimo giudice di Arborea Guglielmo III di Narbona tentò di conquistare la città con un manipolo di uomini, ma venne respinto. Nel 1492, come negli altri territori appartenenti alle corone iberiche, per via del Decreto di Alhambra venne espulsa, con gravi ripercussioni economiche, la locale comunità ebraica di cui sono ancora visibili alcuni resti archeologici.

 

Il 28 agosto 1501, le venne conferito il titolo di Città Regia.

 

Nel 1541, l'imperatore Carlo V venne in visita accompagnato dall'ammiraglio Andrea Doria, constatando le qualità che la resero così appetibile nel passato, e coniando forse la famosa espressione "todos caballeros".

 

Nel 1652, Alghero fu colpita nuovamente dalla peste, portata nella città da una nave catalana. Alcuni algheresi emigrarono verso altre zone dell'isola sperando di salvarsi, ma ottennero l'effetto di diffondere in tutto il territorio la pestilenza, che colpì duramente la Sardegna per ben quattro anni. Nel 1720 il Regno di Sardegna passò alla Casa Savoia, senza che questo avesse apportato mutamenti alla tradizione culturale e linguistica di Alghero.

 

Durante la seconda guerra mondiale, Alghero e dintorni vennero bombardati. Molti algheresi, dopo aver perduto la propria abitazione durante i bombardamenti alleati, vennero alloggiati nel collegio dei Gesuiti retrostante la chiesa di San Michele, allora abbandonato, che venne pesantemente modificato per ricavarne abitazioni.

 

Negli anni sessanta, la città visse, come del resto tutta Italia, un momento di forte ripresa, accompagnato però da una forte speculazione edilizia. Hanno la loro prima edizione diversi eventi mondani tra cui la manifestazione "Meeting del cinema italiano" che premiava film, attori e registi con il premio "Il Riccio d'oro". e l'elezione di Lady Italia e Lady Europa, con la partecipazione ed il coinvolgimento di famose personalità del mondo dello spettacolo. Il 1960 è l'anno del "Retrobament", il reicontro culturale e linguistico fra Alghero e la Catalogna, celebrato ogni anno.

 

Il 6 settembre del 1968, una squadra di Alghero ha partecipato ai Giochi senza frontiere, in onda in Eurovisione, nella cittadina tedesca di Schwäbisch Hall. Nel 1986 Alghero ha acquistato nuova notorietà grazie alla canzone Alghero di Giuni Russo. Dal 2001 Alghero è sede di vari corsi distaccati dell'Università di Sassari, in Scienze ambientali e produzioni marine, di Architettura, Pianificazione e Design, e dal 2010 della Scuola per stranieri di lingua e cultura italiana di Alghero.

 

Il complesso di Santa Chiara nel 2013 è divenuto sede della Facoltà di Architettura, su progetto di Giovanni Maciocco e dell'archeologo Marco Milanese. Dopo alcuni anni di lavori passati per le giunte Sechi, Tedde e Lubrano, è stato inaugurato dall'Ambasciatore di Israele Naor Gilon.