Da alcuni documenti notarili della città di Gravina dell'inizio del XIII secolo, si evince l'esistenza, nella zona interessata dall'attuale Altamura, di un piccolo centro chiamato Murum. Detto toponimo si riferiva alla cinta muraria della città (mura megalitiche), i cui ruderi sono oggi visibili ed integrati nei vari edifici..

 

L'imperatore Federico II nella visita del 1232 vide i ruderi di una città antica e decise di rifondarla costruendovi anche una basilica dedicata a Santa Maria Assunta, la cui facciata originaria si rivolgeva verso Gravina. La rifondazione di città dell'antichità abbandonate è un motivo ricorrente nelle città di nuova fondazione di Federico II di Svevia.

 

La città fu ripopolata con gente che fu costretta a trasferirsi da altre regioni, e lo stesso Sire Mundea de Gravina racconta di aver visto piangere molti di coloro che vi si trasferirono. Inoltre, nei primi anni, la città era costantemente presidiata da ufficiali e uomini d'armi del re per assicurarsi che i nuovi abitatori vi restassero e soprattutto per proteggerli dalle incursioni frequenti dei vicini, che avendo perso la loro terra intendevano riprendersela.

 

Federico II chiamò, per abitare la città, gente anche dai paesi vicini, compresi greci ed ebrei delle zone del suo regno, concedendo franchigie e privilegi speciali ovvero la facoltà di coltivare la terra e ricostruire le case senza pagare le tasse, dividendo di fatto la città in quattro quadranti: greco, saraceno a est e latino e ebraico a ovest. Assegnò alla nuova città territorio separato e disgiunto dalle diocesi confinanti, con privilegio spedito in Melfi nel settembre 1232. Conferì il titolo di arciprete a Riccardo da Brindisi. In seguito fu emanata anche una bolla del papa Innocenzo IV ad Avignone nel 1248. Ferdinando Ughelli nel Seicento dubitava su questa fondazione, attribuendola piuttosto al vescovo di Gravina tra il 1300 e il 1301. In realtà tra i vescovi di Gravina e gli arcipreti di Altamura ci sono sempre state profonde controversie, poiché i primi volevano esercitare giurisdizione su Altamura, che invece è stata esentata da Federico II. Infatti Clemente V nella bolla del 1307 confermò l'unione che già il re Carlo II aveva operato, dell'arcipretura di Altamura con la tesoreria della Basilica di San Nicola di Bari. La chiesa fu successivamente distrutta da un incendio e la successiva ricostruzione ne modificò la posizione della facciata, che fu rivolta verso est.

 

Il re Carlo I d'Angiò nel 1271 concedette Altamura a Ludovico de Bellojoco, e poi al giurista Sparano da Bari. Fu feudo di Errico de Poheriis o de Poherio e poi del conte di Minervino Giacomo Arcuzio di Capri alla fine del Trecento. Nel 1463, lo stemma comunale fu sormontato dalla corona, per volere del re Ferrante d'Aragona; la città successivamente divenne feudo di varie famiglie nobiliari, a partire dagli Orsini Del Balzo e dei Farnese (1538-1734), committenti di numerosi palazzi e chiese. Gli Orsini del Balzo la ottennero nel 1482. Fu concessa a Pirro del Balzo duca di Venosa dal re Ferrante il 16 ottobre 1482, divendendo primo Principe di Altamura. Con ogni probabilità Pirro fu presente a Melfi, nella primavera del 1485, al matrimonio di Troiano Caracciolo con Ippolita Sanseverino, a quello che fu il primo atto della congiura dei baroni contro il re. Nell'autunno anziché recarsi in Abruzzo a fronteggiare Giovanni della Rovere, che aveva invaso le terre del Regno, rimase in Puglia, dove si impadronì di Spinazzola, Genzano, Barletta; ma Ferrandino d'Aragona riuscì a recuperare le terre perdute ed anche Acerra ai danni di Pirro. Nei primi di settembre del 1486 Pirro si sottometteva formalmente al re, ma subito dopo fu tra i baroni che giurarono di continuare la lotta contro il sovrano. Alfonso II d'Aragona allora conquistò Venosa e Pirro prese la dura decisione di sottomettersi a Ferrante (18 dicembre 1486). Ma i baroni continuavano a tramare contro il sovrano. Pirro si sentiva forte del legame con la corte (la figlia Isabella aveva appena sposato Federico d'Aragona, fratello del re) e si accordò con Roberto Sanseverino, principe di Salerno, per un complotto decisivo che avrebbe preso le mosse da Roma. Ma la mancanza di determinazione gli impedì di partire: Pirro fu arrestato insieme con numerosi altri baroni il 4 luglio 1487 e rinchiuso nel Castelnuovo di Napoli, da dove non uscì più. Tutte le sue proprietà furono confiscate e finirono nelle mani del genero Federico d'Aragona, che si proclamò Principe di Altamura. Essendo Isabella (1468-1533), figlia di Pirro, divenuta moglie del re di Napoli Federico, alla morte del padre nel 1491 divenne 3ª principessa di Altamura, dopo che lo era già stata la sorella Isotta Ginevra (1460-1530) prima di lei. Nel 1506 Ferdinando il Cattolico, subentrato re di Napoli durante le Guerre d'Italia, la donò a Onorato Gaetano.

 

Nel 1531, dopo la conquista spagnola della Puglia, i cittadini ne riscattarono l'autonomia amministrativa, pagando alla Corona di Spagna la somma di 20.000 ducati.. Nel 1538, ridotta sul lastrico per i debiti, la Città si vendette a Ottavio Farnese, duca di Camerino, genero di Carlo V. Fu poi dote di matrimonio di Margherita d'Austria, e in questo periodo si registrò una notevole espansione al di fuori delle mura cittadine.

 

Nel 1647 l'insurrezione di Masaniello a Napoli coinvolse molte altre città del regno in un moto contro la feudalità; tra queste Altamura, che si era opposta con decisione ai tentativi di riconquista da parte di Giangirolamo II Acquaviva d'Aragona, il potente conte di Conversano. In quell'occasione, Altamura aderì alla Repubblica Napoletana e per un breve periodo si autogovernò. Nel 1748 Carlo VII di Napoli vi fondò una università: un difficile percorso di affermazione, tra le prime in assoluto in tutta l'Italia Meridionale.

 

Alla fine del XVIII secolo, e per quasi tutti gli anni novanta, l'antica nobiltà di Altamura era ancora molto potente, sia come censo che per la notevole influenza che aveva alla corte di Napoli; illuminante è l'episodio dell'aprile del 1797. I rappresentanti dei nobili altamurani, con le loro sollecitazioni riuscirono a modificare il programma del Re, allora in visita a Gravina, quasi costringendolo ad una imprevista permanenza a Altamura. La città fu per l'occasione non solo riccamente addobbata, ma sistemata anche nell'accesso e rifacendo larghi tratti di strada.

 

Ma i tempi mutano rapidamente; nel 1799, solo 10 anni dopo l'accendersi della Rivoluzione francese, venne piantato l'Albero della libertà e proclamata la repubblica.

 

Altamura accolse con entusiasmo le nuove idee giacobine, con sporadiche manifestazioni di diseredati; l'antica nobiltà fu facilmente isolata e in parte incarcerata, tuttavia anche se assai scarsi nel numero i rappresentanti della vecchia classe dirigente conservavano la loro potenza economica e politica. La città divenne il secondo cantone del dipartimento del Bradano, amministrato dai commissari governativi Don Nicola Palomba e Felice Mastrangelo. Il sogno di libertà durò perciò molto poco: giunsero le truppe della Santafede, guidate dal cardinale Fabrizio Ruffo, alla riconquista della città. Il 10 maggio dello stesso anno, l'esercito filoborbonico entrò in città, saccheggiandola e ristabilendo al potere la nobiltà.

 

I corpi dei malcapitati furono gettati nei sepolcreti della chiesa, tra i gemiti dei moribondi e le grida dei feriti, tanto che, alcuni di loro furono salvati il giorno seguente dall'arrivo dei vincitori. Da allora Altamura ebbe il nome "Leonessa di Puglia" per il coraggio dimostrato durante la ribellione contro i Borboni.

 

Palazzo Viti ospitò, dal 1808 al 1817, la Corte d'Appello di Altamura, che serviva i territori di Terra di Bari, Basilicata e Terra d'Otranto.

 

Nel 1848 scoppiarono rivolte sotto la guida di Domenico Tranaso, notaio a favore dell'Unità d'Italia. La Guardia Nazionale fu espulsa dalla città e le truppe della vicina Bari furono schierate per riprendere il controllo di Altamura. Tranaso fu arrestato e le rivolte furono represse.