È una delle più recenti costruzioni del centro storico (1628-1740), progettata da Giovanni Battista Bellini, venne costruita in stile neoclassico con influenze tardo barocche. L'impianto della chiesa è a navata unica con volta a botte e altari laterali a edicola. L'alzato si distingue per un notevole sviluppo verticale che risalta nella struttura urbanistica della città. All'interno sono conservati importanti dipinti del Cinquecento fiorentino: due tavole di Giovanni Antonio Sogliani raffiguranti l'Ultima Cena (1531) e la Lavanda dei piedi, la Deposizione dalla Croce di Domenico Ubaldini detto il Puligo. Dietro l'altare maggiore, la Madonna della Misericordia, grande terracotta invetriata policroma di Andrea della Robbia.

 

La chiesa è sede parrocchiale dalla fine del XVIII secolo.

 

Dietro all'altare si trova un organo a canne della ditta Tamburini di Crema costruito nel 1963. Lo strumento, opus 473, interamente a trasmissione elettro-pneumatica, presenta le sue canne all'interno di un'unica "cassa", contenente anche quella espressiva. La consolle è alla sinistra dell'altare, dotata di due manuali e 18 registri.

 

Ogni parroco della Propositura è denominato Proposto a seguito del breve del Vescovo aretino Niccolò Marcacci. Il primo Proposto di Anghiari fu don Telesforo Doni a partire dal 1787 al 1807 data della sua morte. Egli fu così l'ultimo Vicario Perpetuo dell'Abbazia di San Bartolomeo.