Numerosi reperti archeologici indicano che Assisi trae le sue origini da un piccolo villaggio abitato dagli Umbri già nel periodo villanoviano (IX– VIII secolo a.C.). Come ci dimostrano i vari reperti archeologici rinvenuti, gli Umbri intrattenevano profondi rapporti (soprattutto commerciali) con i vicini Etruschi, stanziati sulla sponda occidentale del Tevere, dai quali differivano, però, per lingua e cultura.

 

I Romani nel 295 a.C., con la battaglia del Sentino, imposero definitivamente il loro dominio anche nell'Italia Centrale. La città umbra ebbe il nome di Asisium e fu monumentalizzata a partire dal II secolo a.C. Nell'89 a.C. divenne municipium e fu un importante centro economico e sociale dell'Impero romano. Il suo toponimo ha origini prelatine, e conservando un'incerta etimologia, viene interpretato in due differenti modi. Città del falco, o dell'astore oppure dalla base latina ossa ovvero torrente con ovvio riferimento al fiume Assino. Nel corso del III secolo, per l'azione di san Rufino, vescovo e martire, inizia a diffondersi il cristianesimo.

 

Con il crollo dell'Impero romano anche Assisi conobbe la buia età delle invasioni barbariche e, nel 545, fu saccheggiata dai Goti di Totila. Conquistata dai Bizantini, passò poco tempo dopo (568) sotto il dominio longobardo e venne annessa al Ducato di Spoleto, del quale condivise le sorti fino all'inizio del XII secolo.

 

Dopo un periodo di guerre, nel 1174 fu assediata e conquistata da Federico Barbarossa, che diede l'investitura della città al duca Corrado di Lutzen, detto anche Corrado di Urslingen: Assisi divenne dominio imperiale, ma sollevazioni popolari (1198) inaugurarono ben presto l'epoca comunale, non senza lotte interne e guerre con la vicina Perugia. Tra il 1181 e il 1182, nasce ad Assisi Francesco – figlio di Pietro di Bernardone e Madonna Pica – il futuro santo che, con la sua opera, segnerà la storia del luogo e dell'umanità.

 

Nel 1198 il popolo di Assisi, stanco delle prepotenze del duca di Lutzen, si ribellò scacciandolo dalla città. Durante la fine della prima metà del Duecento l'Assisi guelfa subì vari assedi da parte delle truppe saracene e tartare facenti parte del grande esercito di Federico II di Svevia. Le truppe imperiali devastarono a più riprese il contado ma la città grazie alla valenza delle sue milizie ed al carisma di Santa Chiara resistette alle incursioni. Negli anni a seguire Assisi vide alternarsi al controllo della città guelfi e ghibellini. Successivamente la città passò sotto il dominio della Chiesa, dei Perugini, di Gian Galeazzo Visconti, dei Montefeltro, di Braccio Fortebraccio da Montone, passando infine sotto il controllo di Francesco Sforza.

 

Nel novembre del 1442 Assisi, difesa in quel periodo da Alessandro Sforza, subisce l'assedio delle truppe comandate dal Piccinino. Dopo molti giorni di vani tentativi le truppe assedianti, anche grazie all'aiuto di un frate traditore, riescono a penetrare all'interno della cinta di mura. Assisi viene pesantemente devastata e saccheggiata ma il Piccinino si oppone comunque alla completa distruzione della città rifiutando i 15000 fiorini offerti dai perugini. Le fazioni legate alle famiglie dei Nepis (della "parte de sopra") e dei Fiumi (della "Parte de Sotto") si fronteggiarono fino al XVI secolo quando la conquista dell'Umbria da parte di papa Paolo III restituì alla città un periodo di pace e tranquillità.

 

A partire dal XVII secolo, grazie alla fondazione di istituti ed accademie, riprende con grande fervore l'attività culturale, interrotta dal periodo delle guerre napoleoniche (1799), quando le truppe francesi al comando di Napoleone Bonaparte saccheggiarono la città e molte opere d'arte.

 

Nel 1860, con plebiscito unanime, aderì al nascente Stato italiano. L'unificazione permetterà alla città di aprirsi progressivamente all'esterno, grazie anche alla costruzione dello scalo ferroviario. Con il ritrovamento dei corpi di San Francesco (1818) e Santa Chiara (1850), Assisi diventa meta privilegiata di pellegrinaggi; il turismo religioso dette un forte incremento alla rinascita dell'economia locale.

 

Durante la seconda guerra mondiale, nel periodo seguente all'8 settembre 1943 e all'occupazione tedesca, Assisi è letteralmente invasa dai profughi, tra i quali oltre 300 ebrei. Il vescovo monsignore Giuseppe Placido Nicolini – coadiuvato dal segretario, don Aldo Brunacci, e dal guardiano del Convento di San Damiano, padre Rufino Niccacci – trasforma Assisi in uno dei centri principali della resistenza civile italiana all'Olocausto. Travestiti da frati e suore, nascosti nei sotterranei e nelle cantine, mimetizzati tra gli sfollati, provvisti di documenti falsi, gli ebrei rifugiatisi ad Assisi sono protetti da una vasta rete di solidarietà che si estende anche ad altre zone dell'Umbria ed ha contatti, anche attraverso il ciclista Gino Bartali, con le centrali di resistenza e finanziamento della DELASEM in Liguria e Toscana. Il compito è arduo.

 

Tra i rifugiati ci sono donne, bambini, vecchi, ammalati, che necessitano di cure ed assistenza per le necessità quotidiane. Si organizza persino una scuola dove i bambini ebrei possano ricevere istruzione religiosa ebraica. Grazie anche alla complicità del colonnello tedesco Valentin Müller, che dichiarerà Assisi una zona franca ospedaliera, nessun ebreo sarà deportato da Assisi.

 

Il vescovo Giuseppe Placido Nicolini, don Aldo Brunacci e padre Rufino Niccacci, ricevono nel dopoguerra l'alta onorificenza di giusti tra le nazioni dall'Istituto Yad Vashem di Gerusalemme, unitamente a Luigi e Trento Brizi che nel loro piccolo negozio di souvenir vicino a piazza Santa Chiara hanno provveduto alla stampa di tanti falsi documenti di identità. Nel 1985 il film Assisi Underground di Alexander Ramati ricostruisce le vicende e i protagonisti di quegli anni. Nel 2004 la Medaglia d'oro al Valor Civile è conferita alla città di Assisi per l'impegno civile dimostrato dall'intera popolazione.

 

Il 27 ottobre 1987, su invito del papa Giovanni Paolo II, i principali rappresentanti delle religioni del mondo si riunirono ad Assisi per un incontro di preghiera in nome di san Francesco, profeta della pace come lo definì lo stesso pontefice dando inizio allo "spirito di Assisi".

 

Nel 2000 la città di Assisi, la Basilica Papale di San Francesco, quella di Santa Maria degli Angeli e gli altri luoghi francescani, con la quasi totalità del territorio comunale, costituiscono un sito inserito nella lista del Patrimonio Mondiale UNESCO.