Si tratta dell'antica cattedrale della Diocesi umbra. Essa risale all'XI-XII secolo, ma fu costruita su un edificio più antico, di epoca paleocristiana, a sua volta edificato su una domus di epoca romana (la cosiddetta domus di Properzio).

 

Con decreto del 25 dicembre 2016 il vescovo Domenico Sorrentino la eresse a Santuario della Spogliazione, ricordando il celebre eclatante gesto di San Francesco, avvenuto proprio nei pressi del luogo di culto.

 

La semplice facciata è ripartita verticalmente da paraste, e presenta un portale d'ingresso inserito in un'arcata a sesto acuto, ed un rosone, datato 1162 e firmato Johannes (forse Giovanni da Gubbio, lo stesso architetto che costruì la Cattedrale di San Rufino).

 

L'interno è a pianta basilicale a tre navate, separate da pilastri. Sulle pareti vi sono resti di affreschi che risalgono al XIV-XV secolo.

 

Nella cripta, appartenuta alla chiesa precedente, sono conservati capitelli di epoca romana ed un sarcofago con scolpita una croce, risalente al IX secolo.

 

Dal 6 aprile 2019, dopo alcuni giorni di preparazione e con alcuni momenti di preghiera nella basilica inferiore di San Francesco e in San Rufino, i resti del beato Carlo Acutis riposano qui, all'interno di un monumento bianco nella navata destra.

 

Nel 2018 sono stati trasferiti nei sotterranei della chiesa i documenti e materiali del Museo della memoria, Assisi 1943-1944 istituito nel 2011 per ricordare le azioni e le persone di Assisi che si spesero in prima persona per salvare gli ebrei.