L'edificio appartiene alla tipologia del tempio prostilo corinzio "in antis" (con pronao delimitato lateralmente dal prolungamento delle pareti della cella), con colonne scanalate poggianti su alti plinti quadrangolari, trabeazione e frontone.

 

Il nome deriva da un'interpretazione posteriore, dovuta al ritrovamento di una statua femminile; è stata invece rinvenuta una lapide votiva dedicata ad Ercole.

 

Il tempio fu edificato per volere di due dei quattuorviri (massimi magistrati cittadini), Gneo Cestio e Tito Cesio Prisco, che furono anche i finanziatori del progetto.

 

Nell'alto medioevo, la cella fu trasformata nella chiesa di San Donato, poi degradata a "casalino", per passare poi all'ordine benedettino che vi ricavò abitazioni e botteghe. Nel XIII secolo fu adattata a sede del comune, che destinò il piano inferiore a sede carceraria, deputando quello superiore ad aula del consiglio cittadino.

 

Nel 1539 il papa Paolo III volle far trasformare il suo interno in chiesa cattolica dedicata alla Vergine. L'edificio venne quindi rimaneggiato poi in stile barocco nel XVII secolo.

 

Durante il suo viaggio in Italia, il 25 ottobre 1786 il poeta Goethe giunse ad Assisi e volle visitare soltanto il tempio di Minerva.

 

Il tempio conserva la facciata, che in origine si affacciava su una piazza identificata come la piazza del foro romano, spiccando su un podio rialzato. Restano sei colonne con basi attiche, fusti scanalati e capitelli corinzi, poggiate su piedistalli che interrompono la scalinata di accesso. Si conserva anche la trabeazione con il fregio, che in antico recava un'iscrizione con lettere di bronzo, delle quali restano i fori di fissaggio, e con la cornice con mensole e il frontone, di dimensioni proporzionalmente ridotte.

 

La cella è andata completamente distrutta durante la costruzione della chiesa nel XVI secolo.

 

Recentemente è stato riscoperto un breve tratto del tempio vicino all'altare, con un arco murato. Il piccolo tratto non è più stato coperto ed è tuttora visibile. Sono emerse inoltre parte dell'antica pavimentazione romana e il grande muro di terrazzamento posteriore. Dal cortile dell'edificio attiguo risulta visibile il fianco sinistro dell'edificio templare e, al fondo, il muro di sostegno del terrapieno.