Per volere del Papa san Pio V (1566-1572), al fine di custodire le cappelle della Porziuncola, del Transito e del Roseto e altri luoghi resi sacri dalla memoria di san Francesco, e accogliere i tanti pellegrini che da ogni luogo si recavano a visitarli, tra il 1569 e il 1679 venne edificata la grande Basilica di S. Maria degli Angeli. Il progetto originario di Galeazzo Alessi (1512-1572) era caratterizzato da una rigorosa semplicità strutturale, conforme all'ideale francescano di povertà.

 

I forti eventi tellurici che scossero l'Umbria nel 1832 provocarono danni gravissimi alla basilica. Al termine di un lungo e complesso restauro, diretto dall'architetto Luigi Poletti, essa fu riaperta al culto l'8 settembre del 1840. La facciata, ispirata al barocco romano, venne rielaborata radicalmente su un progetto di Cesare Bazzani, con l'intento di conferirle una monumentalità degna dell'importanza del Santuario: fu inaugurata l'8 giugno 1930 e alla sua sommità collocata un'imponente statua della Vergine in bronzo dorato, opera dello scultore Guglielmo Colasanti (Terni 1889+1944). Della costruzione originale dell'Alessi rimasero la cupola e l'abside.

 

La Basilica, a croce latina, è lunga 126 metri e larga 65. L'interno della basilica, a tre navate, ha uno stile essenziale e semplice. Questo dovuto al fatto di dare maggiore risalto alla Porziuncola, racchiusa al suo interno.

 

La Porziuncola è la piccola chiesetta contenuta all'interno della grande Basilica Papale di Santa Maria degli Angeli, nonché uno dei luoghi francescani più importanti: tra le sue mura, san Francesco comprese la sua vocazione, accolse santa Chiara e i primi frati, ricevette il Perdono di Assisi. La chiesetta divenne uno dei luoghi prediletti dal santo.

 

Sempre all'interno della Basilica si trova tale cappella. In origine era l'infermeria del convento originario, la sua fama è data dal fatto che qui san Francesco morì il 3 ottobre 1226 e finì di comporre il Cantico delle creature. Per celebrare tali eventi, nel 1886, Domenico Bruschi effettuò degli affreschi raffiguranti la morte di san Francesco e i suoi funerali. Vi sono, inoltre, ulteriori affreschi raffiguranti santi e beati francescani, eseguiti da un allievo del Perugino: Giovanni di Pietro, detto Spagna. In una teca è custodito un dono fatto da papa Pio IX alla confraternita: il cingolo di san Francesco.

 

Alla destra dell'abside della basilica, si trova il roseto. Tale luogo è famoso per un avvenimento che ha coinvolto san Francesco: una notte, infatti, il Santo, preso da forti dubbi e dal rimorso del peccato, si rotolò nudo nel roseto spinoso. Tale roseto, narra la tradizione, al contatto con il corpo del Santo perse tutte le spine così da non arrecargli alcun danno. Ancora oggi il roseto fiorisce senza spine.

 

Nel roseto oltre ad essere presente un'infinità di rose di diversi colori e qualità e presente una statua in bronzo di Vincenzo Romigno (1916), che ricorda l'episodio di una pecorella donata a Francesco che egli accettò volentieri, per la sua semplicità e innocenza.

 

Questa originariamente era la dimora di San Francesco, nel 1260; per volontà di san Bonaventura da Bagnoregio la si trasformò in cappella.

 

L'interno della piccola cappella è divisa in due vani su livelli diversi, è impreziosito da affreschi del XVI secolo di Tiberio di Diotallevi di San Francesco, conosciuto come Tiberio d'Assisi.

 

I dipinti nel livello inferiore della Cappella riproducono i cinque quadri della Pala d'altare di Prete Ilario da Viterbo, situata in Porziuncola; quelli nel livello superiore ritraggono san Francesco con i suoi primi 12 compagni e alcuni santi francescani, tra cui santa Chiara, san Bonaventura e san Bernardino.

 

Sotto la Cappella si apre una sorta di grotta all'interno della quale si trovano una statua del Santo in preghiera e i resti delle travi che formarono il pulpito dal quale egli annunciò la grande Indulgenza della Porziuncola.