La città fu fondata nei pressi del sito dell'antica città dorica di Megara Hyblaea dall'imperatore Federico II di Svevia, che la fondò nel 1232. Federico la chiamò Augusta Veneranda e divenne una delle sue località preferite. La città fu ricostruita dopo il terremoto del Val di Noto del 1693. Nella seconda guerra mondiale era una delle principali basi della Regia Marina, e fu uno dei porti di sbarco delle forze anglo-americane.

 

La presenza di vita sulla piccola penisola di Augusta è possibile già dalla preistoria, limitata sempre a un piccolo villaggio. Si narra che in questo sito sorgesse una città chiamata Xiphonia ma non si sa se fosse una vera e propria città o un semplice villaggio di pescatori. Una leggenda racconta che intorno al XII secolo nei pressi di questa città il frate domenicano Reginaldo piantò un bastone che gli era stato donato probabilmente da San Domenico. Il giorno dopo il bastone fiorì e per Reginaldo fu il segno che il convento doveva essere costruito sulla penisoletta. Si parla di Augusta come città solamente dopo il 1232, possibile data di fondazione della città da parte di Federico II di Svevia. Egli per indicare la sua autorità sugli abitanti (si dice deportati da Montalbano e Centuripe) costruì un grosso castello su un promontorio di circa 30 m nella parte nord. Alla morte dell'ultimo imperatore svevo, Augusta, sede di un castello, venne occupata dagli Angioini. Gli abitanti combatterono nei Vespri siciliani e già nel 1282 sul castello sventolava la bandiera Aragonese, dominio che durerà per quattro secoli.

 

Nel 1326 Augusta divenne feudale sotto il possesso di Guglielmo Raimondo II Moncada, il primo dei ventiquattro conti del territorio di Augusta. Passati due secoli come città feudale, Augusta tornò al demanio nel 1560, dopo che il re, vista l'insufficiente difesa che i conti avevano provveduto durante le invasioni turche del 1551, 1552, 1553 e 1560, decise di provvedere personalmente alla difesa della città. Avvennero infatti tutte dopo il 1560 i primi interventi di fortificazione: dal taglio dell'istmo alla costruzione di bastioni e dei forti Garcia, Vittoria e Avalos. Ma nonostante ciò i turchi continuarono ad attaccare, nel 1594 avvenne il miracolo. San Domenico, particolarmente venerato nella città perché quello domenicano fu il primo ordine religioso ad arrivare, apparve in cielo e mise fuga i turchi. Questo dice la leggenda; in verità molto probabilmente si trattava di domenicani, che già anni prima vennero autorizzati a tenere armi per difesa.

 

Il XVII secolo si rivela fiorente per Augusta anche per l'arrivo dell'ordine dei Cavalieri di Malta che qui costruirono un grande forno per la produzione di biscotti intorno alla metà del secolo. Nel 1675 il porto fu campo della Battaglia d'Agosta tra spagnoli e francesi, che vide la vittoria di questi ultimi che però abbandonarono pochi anni dopo il castello. Ma il 9 e l'11 gennaio del 1693 la città venne rasa al suolo dal terremoto. Nonostante ciò in pochissimi anni la città si risollevò e venne pure elevata alla dignità senatoria. Gli edifici della città distrutti dal terremoto vennero costruiti in stile tardo barocco come nelle altre città della Val di Noto. Dopo ciò Augusta incominciò un lento declino, dal passaggio ai Borboni fino all'unità d'Italia, e concludere con la costruzione nel 1890 del penitenziario sull'antico castello fridericiano. Nel 1778 Vivant Denon visita Augusta lasciando una descrizione del castello fortificato e del porto all'interno del suo Voyage en Sicilie.

 

Ma agli inizi del Novecento, per la collocazione strategica del porto poco fuori dalla città, nel 1917 venne incominciata la costruzione di un hangar per dirigibili in cemento armato. Venne ultimato nel 1920, dunque a guerra finita, misura 105,5 metri di lunghezza, 45,2 metri di larghezza e 37 metri di altezza. La struttura è costituita da 15 telai in calcestruzzo armato; i tamponamenti in cemento armato alleggerito di minimo spessore, solo parzialmente ancorati alle travi, la soletta di copertura a botte sospesa su una serie di centine a falce. Nel 1925, tramontata l'epoca dei dirigibili, tutta l'area dell'aeroscalo viene inglobata nell'idroscalo della appena nata Regia Aeronautica. L'idroscalo nella seconda guerra mondiale assolve importanti funzioni tattiche. La città nel 1943 subì un bombardamento alleato propedeutico a quella che sarebbe stata l'invasione e che causò danni e molti morti.

 

Nella notte del 9 luglio 1943 incominciò lo sbarco alleato in Sicilia (operazione Husky) e fra i punti di approdo vi fu la rada di Augusta. La regia aeronautica affidò al 5º Stormo Tuffatori (101º e 102º Gruppo) e al giovane comandante e "asso" Giuseppe Cenni (medaglia d'oro al valor militare), l'incarico di ostacolare l'invasione alleata su Augusta. Le difficili azioni costarono la vita a più di 10 piloti.

 

Augusta venne quindi occupata dalle truppe alleate, per rinascere nel dopoguerra come idrosoccorso della rinata aviazione repubblicana. Ma Augusta si risollevò anche grazie all'installazione nel 1949 della prima raffineria petrolifera. Dopo pochi anni la costruzione venne seguita da molte altre per arrivare alla selvaggia industrializzazione della costa megarese negli anni ottanta del XX secolo. Ancora ora molta dell'economia di Augusta, in passato fondata sulla pesca, sull'agricoltura e sulla produzione di sale dalle grandi saline, è basata sulle industrie petrolchimiche.