Già insediamento romano, nel VII secolo a Bibola, sulla collina che sovrasta Aulla, sorgeva un kastron bizantino a difesa del porto di Luni.

 

Nel Medioevo la città crebbe notevolmente in relazione all'antica Via Francigena, che, attraverso l'intera Lunigiana, transitava per Aula in direzione Passo della Cisa. Nell'itinerario del viaggio di Sigerico la città rappresentava la XXX tappa e, dall'Arcivescovo di Canterbury, era definita Aguilla.

Importante via di comunicazione di origine romana era anche la strada delle cento miglia, che, dal porto di Luni, conduceva a Parma, attraversando il territorio e dirigendosi al Malpasso, oggi Passo del Lagastrello.

 

Nel 1522 Giovanni de' Medici, celebre come Giovanni delle Bande Nere, acquistò il feudo di Aulla dai Malaspina. Il condottiero progettava di creare un proprio Stato personale nel nord della Toscana. Fece edificare la Fortezza della Brunella, ma l'opposizione di parte della popolazione lo spinse a rivendere il feudo.

 

Aulla fu nuovamente ceduta dai Malaspina nel 1543, questa volta alla famiglia Centurione di Genova che, con Adamo, divenne un marchesato indipendente. Il borgo divenne, quindi, una piazzaforte sotto l'influenza genovese.

Nel 1706, spodestati i Centurione, lo staterello venne ceduto ai Malaspina di Podenzana, che nel 1710 l'annetterono, dopo aver versato alla Camera dell'Impero trentamila fiorini; i Malaspina vi governarono, così, fino al 1797.

 

Dopo la Restaurazione, Aulla entrò a far parte del Ducato di Massa, retto da Maria Beatrice d'Este; alla morte della sovrana, avvenuta nel 1829, i territori del ducato massese furono inglobati dal Ducato di Modena, Aulla compresa.

 

Nel 1860 fu annessa al Regno di Sardegna. A partire dall'anno seguente, con la proclamazione del Regno d'Italia, seguì le vicende del nuovo Stato unitario.

 

La città di Aulla venne duramente provata dal secondo conflitto mondiale e per questo le è stata conferita la medaglia d'oro al valor civile. Fu liberata, il 24 aprile 1945, dai reparti partigiani del battaglione Val di Vara, comandati da Daniele Bucchioni, al quale fu conferita, nel dopoguerra, la cittadinanza onoraria della città.

 

Il 25 ottobre 2011 un violento maltempo ha colpito il levante ligure (bassa e media val di Vara, val di Magra e Cinque Terre) e la Lunigiana con esondazioni, danni, vittime e dispersi in diverse località del territorio ligure e toscano. Tra i comuni più colpiti c'è anche Aulla e frazioni dove le precipitazioni intense hanno provocato lo straripamento del fiume Magra che, invadendo con le sue acque gran parte la città, ha causato la morte di due persone - vittime ufficializzate dalla prefettura di Massa-Carrara - e molteplici danni alle abitazioni, alle attività commerciali, ai collegamenti stradali e agli impianti elettrici, idrici e gas. È andata distrutta la biblioteca comunale con quasi tutto il suo patrimonio e la scuola elementare.