La chiesa, pertinente al monastero, fu fondata nell'884 dal marchese di Toscana Adalberto I e dedicata a Santa Maria Assunta. Dal 1050 risulta dedicata (unico caso in Toscana) a Caprasio, santo eremita delle isole di Lerino (in francese, îles de Lérins) nella costa provenzale, le cui spoglie secondo la tradizione furono portate ad Aulla nel VII-VIII secolo dai monaci colombaniani-lerinensi per sottrarle alle incursioni saracene.

 

L'edificio ha subito nel tempo profonde alterazioni: della struttura primitiva del IX-X secolo rimangono l'abside semicircolare e un frammento di pietra scolpito a motivi vegetali. Del monastero restano, inglobati nella canonica, tre pilastri circolari con capitello depresso che sostenevano le coperture del piccolo chiostro. All'interno dell'abside sono state rinvenute le fondazioni di due chiese dell'VIII e del IX secolo. L'abside, attualmente visibile in elevato, risale al X secolo.

 

Nei locali della canonica è stata scoperta e messa in vista la grande sala capitolare del monastero, dove è allestito il Museo di San Caprasio con reperti archeologici di epoca romana, alto e tardo medioevale e con la ricostruzione delle figure del pellegrino, del monaco, dell'abate. Di notevole qualità sono i marmi altomedievali ed i capitelli in pietra dei secoli XII-XIII, uno dei quali, con figure di draghi, è attribuito allo scultore padano Oberto Ferlendi.

 

Gli scavi archeologici nel tempio di san Caprasio hanno confermato la tradizione popolare della presenza della tomba del Santo: è all'interno di una monumentale tomba, sigillata tra il 1000 ed il 1050, contenente un reliquiario in stucco con le sue reliquie.

Tutta l'area presbiteriale è stata scavata ed è visitabile: oltre alla monumentale tomba del Santo sono visibili i resti di una chiesa del VII secolo, di probabile fondazione colombaniana ai tempi dell'abate lerinese Attala successore di san Colombano nell'Abbazia di Bobbio, legame colombaniano e bobbiese documentato anche dalla fondazione e dipendenza aullese sulla Via Francigena dell'antica Chiesa parrocchiale di San Colombano di Pontremoli oltre che anche dalla fondazione dell'antica Chiesa di Sant'Onorato di Lérins di Torriglia.

Inoltre è visibile l'edificio fondato nell'884, con un interessante pavimento in marmo, realizzato con marmi romani di recupero, tra i quali un'epigrafe del I secolo a.C.

 

Dopo l'ultimo conflitto mondiale, che aveva arrecato molti danni alle strutture, è stata avviata una serie di opere di restauro che hanno restituito la chiesa a tre navate.