Le prime notizie storiche su Bevagna coincidono con la conquista romana dell'Umbria con la famosa Battaglia del Sentino del 295 a.C. Bevagna, infatti, era nota come centro itinerario degli Umbri e per la sua pastorizia e allevamento bovino.

 

Divenuta Municipio romano nel 90 a.C. col nome di Mevania, venne ascritto alla tribù Aemilia, nella VI Regio. Divenne importante centro agricolo e strategico, grazie alla sua favorevole posizione al centro della grande viabilità impostata dai romani con la via Flaminia (220 a. C), e al suo porto fluviale sul Topino (le cui acque, all'epoca navigabili, si gettano nel fiume Chiascio e quindi nel Tevere). Tale floridezza durerà fino al III secolo d.C., quando acquista maggiore importanza il tratto della Flaminia passante per Terni e Spoleto. In questo periodo ebbe un notevole sviluppo edilizio, infatti Mevania fu munita di una cinta muraria, di terme e d'un anfiteatro dei quali restano ancora le vestigia. Forse patria di Properzio; nel 308 a.C. lo scrittore latino Livio ricorda la Battaglia di Mevania in questa data, anche se l'episodio è dubbio per gli storici. Sicuro è che dopo il 295 Mevania con altre città umbre si alleò con Roma.

 

Con l'avvento del Cristianesimo vi sono numerosi martiri, tra cui San Vincenzo, primo vescovo e patrono del paese. Vi viene fondata la diocesi di Bevagna, attestata storicamente nel concilio lateranense del 487.

Con la caduta dell'Impero romano Bevagna viene devastata dalle invasioni barbariche dei longobardi nel VI secolo, decadendo e perdendo anche la sede vescovile nel IX secolo. Nel 774, diviene possedimento longobardo nell'ambito del Ducato di Spoleto, senza avervi una speciale importanza (il termine Gaite ad indicare i quartieri deriva da questo periodo). Successivamente entra a far parte dell'orbita Stato della Chiesa, ma in realtà continua a dipendere, come l'intero ducato, dai re Franchi e poi dagli imperatori del Sacro Romano Impero.

 

Dopo la conquista franca, Bevagna è dal 1187 libero Comune retto da Consoli, e viene contesa fra le dominazioni alterne di Spoleto, Foligno, dell'Impero Germanico, di Perugia e dello Stato Pontificio. Soprattutto vive le controversie fra la Chiesa e l'Impero, restando tuttavia sostanzialmente fedele alla prima fino all'avvento dell'Unità d'Italia.

 

Espugnata e incendiata nel 1152 da Federico Barbarossa e ancora nel 1249 dal Conte d'Aquino, capitano dell'imperatore Federico II come schieramento guelfo, risorse nella seconda metà del XIII secolo tanto che nel 1249 i cittadini ottennero da papa Innocenzo IV l'autorizzazione ad eleggere liberamente il proprio podestà. Nel corso del ‘200 arrivano in città gli ordini mendicanti, Francescani, Domenicani ed Agostiniani, che vi erigono le loro chiese.

Nel 1371, dopo esser passata più volte dal dominio imperiale a quello papale e viceversa, Bevagna viene donata da Papa Gregorio XI a Trincia Trinci, vicario apostolico, iniziando la dominazione della signoria dei Trinci di Foligno che durerà fino al 1439, quando il borgo sarà restituito al diretto dominio della Santa Sede. Anche se venne fortemente contesa con Perugia. Venne devastata nel 1375 da Corrado II Trinci signore di Foligno; sotto l'egemonia di Perugia, tentò ribellarsi nell'ottobre 1381, fino a quando nel 1439 passo poi definitivamente alla Chiesa. Nel 1493 Papa Alessandro VI la concede in amministrazione ai governatori pontifici di Spoleto. Le controversie nate fra i Bevanti e la Città di Spoleto, convinsero nel 1503 papa Giulio II a metterla sotto la giurisdizione dei governatori pontifici di Perugia, i quali cardinali iniziarono a contendersi la supremazia cittadina. Nel 1530 papa Clemente VII decise di porre Bevagna sotto il controllo dinastico dei Baglioni. Tuttavia il malgoverno e la ferocia dei Baglioni fecero ricredere i pontefici, che la riposero sotto i governatori perugini, e poi ancora sotto i Baglioni, fino a quando nel 1567 papa Pio V risolse definitivamente la questione ponendo Bevagna sotto il controllo diretto della Santa Sede, alla quale rimase, salvo la parentesi della conquista napoleonica, fino all'avvento del Regno d'Italia nel 1860.

Un ruolo importante per la storia della città e del suo territorio è rappresentato, come per gli altri comuni della Valle Umbra, dagli sforzi e dalle lotte per la bonifica delle aree paludose e per la regolamentazione dei numerosi corsi d'acqua. Avviata nel 1456, la bonifica della pianura bevanate raggiunge concreti risultati nella seconda metà del ‘500, portando vantaggi all'economia agricola bevanate, incentrata soprattutto sulla coltivazione e lavorazione della canapa.

 

È con il ‘700 e, soprattutto nel corso dell'800, che il sistema idraulico di questa area si avvia ad un assetto definitivo.

 

Leone XII nel 1825 le restituì il titolo di città.