Conosciuto già nell'antichità (Clitumnus), aveva come nume tutelare il dio Giove Clitunno, venerato nel tempietto adiacente. Lì, il mese di maggio, si tenevano in suo onore i sacra clitumnalia. Il tempietto andò distrutto in epoca imperiale, ma in epoca longobarda fu ricostruito, in parte con i materiali originali. Virgilio, nel secondo libro delle Georgiche, si sofferma sulla particolare bianchezza dei tori e delle greggi, che saepe tuo perfusi flumine sacro,/ Romanos ad templa deum duxere triumphos («bagnati nella tua sacra corrente hanno guidato al tempio degli dei i trionfi dei Romani») (vv.146-148).

 

La bianchezza dei tori e la limpidezza delle acque erano celebri al punto che la ricordarono Properzio, Silio Italico, Stazio, Giovenale e Claudiano.

 

Virgilio fa riferimento al trionfo dei Romani: infatti durante la seconda guerra punica essi, alleatisi con gli Umbri, costrinsero Annibale alla fuga in seguito a una battaglia nei pressi di Spoleto (217 a.C.).

 

Pare che all'epoca il fiume fosse navigabile e che avesse dunque una portata maggiore. In proposito ci è rimasta una famosa lettera di Plinio il Giovane. Oggi non è che un fiumicello. Un tempo sulle sue rive sorgevano fastose ville, mentre ora non ci sono che sporadiche e modeste case. Il cambiamento fu dovuto secondo alcuni studiosi alle conseguenze del grande terremoto di Costantinopoli del 446, secondo altri a quello de L'Aquila del 1703.

 

L'età moderna non è stata meno sensibile di quella antica nel fare riferimento al Clitunno: Thomas Macaulay lo rievoca nel suo Orazio (Canti di Roma antica), Byron nel quarto libro dell'Aroldo, e il poeta polacco Ladislao Kulczycki ha consacrato al fiume celebri versi dedicati alla nobildonna perugina Alinda Brunamonti, anch'essa foriera di richiami al "sacro fiume" nei propri componimenti.

 

In Italia il rimando più evidente va a Giosuè Carducci, che prese spunto da un breve soggiorno spoletino del giugno 1876 per scrivervi una poesia composta tra il 2 giugno e il 21 ottobre dello stesso anno, pubblicata l'anno seguente e intessuta di rimandi testuali alla classicità.

 

Presso le sorgenti è stato costruito un parco nel 1852 e creato un laghetto artificiale.