La facciata risale al XVIII secolo, mentre il fianco destro, coi piloni che sorreggono le arcate, è originario del Duecento. A sinistra un portale immette al chiostro, da cui si accede ai vari ambienti del convento e al presepio permanente.

 

L'interno è a navata unica, coperta da travi rinforzate nella struttura da grandi archi di sostegno, rimaneggiati nel Cinquecento. Ha un coro quadrato e sette altari laterali su ciascun fianco.

 

Anticamente tutte le pareti erano affrescate: tracce affiorano qua e là, ed è possibile che in futuro venga completamente rimosso lo scialbo che copre le pareti.

 

Nella cappella maggiore un crocifisso ligneo sagomato attribuito a Ventura Merlini (1480-1500 circa) e il ciclo di affreschi con le Storie di sant'Agostino e Giudizio universale di Ottaviano Nelli, opera fondamentale dello stile tardo-gotico in Umbria.