Intorno al 1280 la città viene conquistata da Todi, come testimonia lo stemma cittadino rappresentante un'aquila e posto su un palazzo alla destra della porta di sant'Agostino. Durante il periodo dell'occupazione tuderte inizia la coltivazione delle uve per il grechetto che si vanno ad aggiungere alla trazione più antica del vino rosso. Nello stesso periodo avviene anche la costruzione del palazzo pubblico (oggi sede del comune) e dei principali edifici religiosi. La città diventa così la più importante fortificazione del territorio tuderte contro Foligno e Spoleto e lo rimane fino al 1383, quando passa prima sotto i Trinci di Foligno per poi divenire, come gli altri centri umbri, di dominio papale.