La struttura occupa l’area che un tempo era delle chiese di Sant'Andrea e della Compagnia del San Salvatore. La costruzione si iniziò nel 1562 su commissione dal vescovo perugino cardinale Fulvio della Corgna, con progetto dell’architetto gesuita Giovanni Tristano, destinata alla nascente Compagnia di Gesù. Nel 1596 fu ingrandita con l’aggiunta della crociera e completata nel 1620 da Valentino Martelli. La parte superiore della facciata fu completata nel 1938 dall’architetto Edoardo Vignaroli. Nel 1775 con la soppressione della Compagnia di Gesù, fu affidata ai Barnabiti e in questa occasione fu spogliata di molte opere che emigrarono a Roma. Durante il governo napoleonico i Barnabiti furono allontanati per quattro anni, nel 1837 poterono ritornare e riprendere la loro attività. Dopo l'unità d'Italia (1860), il nuovo governo li privò di tutti i loro beni, che attualmente appartengono al Ministero dell'interno, mentre la gestione rimase in capo a loro fino alla loro partenza avvenuta nel 2019, per cui attualmente la chiesa è gestita dall'arcidiocesi di Perugia-Città della Pieve.

L'interno barocco a tre navate è riccamente decorato con ampia profusione di oro. Il magnifico soffitto a lacunari del XVI secolo, intagliato e dorato su fondo azzurro, nel 1989 fu colpito da un grave incendio che lo danneggiò gravemente; nel 2001 è stato quindi ricostruito.

 

 

Gli altari delle navate sono lignei intagliati e dorati, con colonne corinzie che mostrano dipinti dell’inizio del XX secolo: Sant'Antonio da Padova, San Giuseppe e Gesù del pittore Polacco Ysoldatij e Sant'Anna e Maria di Stefano Landi. Nella Cappella dedicata a Sant'Anna è collocato un fine dipinto di piccolo formato: “Gesù agonizzante” che, stando alla dedica scritta nel retro viene attribuito a Federico Barocci (XVI secolo). Opere scultoree di pregio sono il Crocifisso ligneo nella cappella del Crocifisso e uno più piccolo in bronzo precedentemente collocato nell’Oratorio dei Contadini, ambedue attribuiti a Bartolomeo Tronchi (XVI secolo). Nell’altare dedicato ai fondatori dell’Ordine Barnabita è una tela di Paolo Bartolini (XX secolo). La volta del presbiterio è interamente affrescata del genovese Giovanni Andrea Carlone raffigura le storie di Giosuè testimonia l’antico splendore della chiesa avuto nel XVII secolo.

 

La pala dell’altare maggiore con la Circoncisione di Gesù , è opera del fiammingo Michele Desubleo (XVII secolo) ed è inserita tra due colonne di marmo nero africano . Nell’abside sono due tele del XVII secolo del perugino Stefano Amadei: La nascita di Gesù e l’Adorazione dei Magi. Il paliotto dell’altare è opera moderna, ma perfettamente integrata, dello scultore perugino Artemio Giovagnoni (XX secolo). Da notare il lucernaio detto del Paradiso. Sopra la porta della sacrestia è un dipinto di piccolo formato: la Natività di Maria di Pietro da Cortona precedentemente collocato nell’Oratorio dei Contadini. Fino al 1773 era in questo luogo la celebre Madonna delle ciliegie (1573), scampata alle requisizioni napoleoniche, dopo la soppressione dell’ordine Gesuita fu trasferita in Vaticano dove è tuttora conservata nella Pinacoteca .[2] Entrati nella sacrestia si può ammirare nella parete di fondo, una Natività di scuola del Perugino e nella volta un affresco del XVIII di Andrea Pozzo . Le pareti sono interamente ricoperte di armadi in noce del XVIII.