La chiesa, affacciata su Piazza Baldassarre Ferri, nasce sullo spazio creato dall'abbattimento di ben nove abitazioni, alcune botteghe, cantine ed una chiesa paleocristiana: l'antico Battistero di San Giovanni Rotondo (XI secolo).

 

L'avvio dei lavori della chiesa attuale risale al maggio del 1627, con l'apposizione della prima pietra, alla presenza di monsignor Virginio Florenzi, perugino ma vescovo di Nocera Umbra, in vece del vescovo di Perugia, il cardinale Cosimo de Torres, in quei giorni a Roma. La prima pietra pietra consisteva in una cassa in travertino contenente dodici medaglie di bronzo e una d'argento in onore di Cristo e degli apostoli, da un lato vi era impressa l'effigie della Concezione a cui era titolata la chiesa e dall'altro l'immagine di san Filippo Neri con il modellino della facciata.

 

Il progetto e la direzione dei lavori vennero affidati all'architetto Paolo Maruscelli, già al servizio dei filippini a Roma dal 1622, dove si fece un nome come architetto di sacrestie e complessi per ordini religiosi, ma soprattutto legato alla ricostruzione di Palazzo Medici-Madama (1637-1647). Come la chiesa S.Maria della Vallicella detta Chiesa Nuova (Roma), prototipo delle chiese filippine, anche questa è ispirata all’architettura romana controriformata, rispondente ai canoni del Concilio di Tento, per cui è ad un'unica navata per favorire il raccoglimento dei fedeli e per non disperdere l’acustica.

 

La facciata principale è in travertino e riprende modelli romani della Controriforma e del primo Seicento, soprattutto vignoleschi e fu realizzata tra 1647 e 1663. È composta da due ordini suddivisi da lesene con capitello corinzio, fiancheggiati da graziose nicchie senza statue e in alto da due volute, affiancate da due vasi lapidei, e sormontati dal timpano triangolare dove è inserito lo stemma, della famiglia Degli Oddi, non più leggibile perché asportato durante il periodo napoleonico. La presenza di questo stemma gentilizio si spiega perché il Vicario di Perugia, Marcantonio Degli Oddi, Vescovo dal 1659 sponsorizzò il completamento della facciata. Alla chiesa si accede da una grande scalinata a due rampe decorata da un'elegante balaustra.

 

La facciata laterale lungo via dei Priori, con il suo piccolo ingresso, è in mattoni a vista, segnata comunque da eleganti modanature, con tracce di grandi archi tamponati.

L’interno è di uno straordinario effetto spaziale ascensionale che si espande verso le rotondità della cupola e dell’abside, esempio mirabile di pittura illusionistica barocca. È riccamente decorato da tele e affreschi del Seicento e del Settecento, ispirati prevalentemente al culto mariano.

La volta della navata è affrescata da Francesco Appiani (1762) con i temi dell'Apocalisse di Giovanni, mentre le decorazioni sono di Nicola Giuli (1762). La cupola è affrescata dal romano Francesco Mancini (1728) con l’Incoronazione della Vergine. Il genovese Giovanni Andrea Carlone (1668) ha dipinto I quattro Evangelisti nei pennacchi della cupola e gli affreschi del presbiterio con la Celebrazione dell’Immacolata Concezione simboleggiata da imprese delle donne bibliche (Ester, Maria di Mosè, Giaele e Debora), opere con le quali portò a Perugia il suo stile barocco, permeato di riferimenti a Pietro da Cortona e a Giovan Battista Gaulli. Di Giacinto Boccanera e Paolo Brizi (1735) sono invece gli affreschi del transetto sinistro. Di Sebastiano Ceccarini e Paolo Brizzi (1737) sono i dipinti del transetto destro, entrambi rappresentanti scene bibliche.