Alberto da Prezzate, noto così dal toponimo del presunto luogo di origine, appartenente a un'importante e potente famiglia comitale bergamasca di probabili origini longobarde, fondò l'abbazia nel 1076, inserendola, nella vasta rete abbaziale che faceva capo a Cluny nel terreno non coltivato di un certo Andegarno, confinante con terreni dei signori di Besana e dello stesso Alberto, sul confine orientale della diocesi di Milano. Il periodo era favorevole, se Milano subiva gli scontri violenti con i patarini, a Bergamo era morto il vescovo Attone da Vimercate e nell'ottobre del 1077 era stato nominato Arnolfo, della famiglia di capitaneale di Guido da Landriano, promettendo un periodo tranquillo. Il monastero ebbe un ruolo centrale nell'affermazione della Congregazione cluniacense sul territorio lombardo, proprio per volontà e contributo di Alberto, egli, infatti, fondò anche l'abbazia di Sant'Egidio, XI secolo. Alberto fu nominato priore maggiore di Pontida e di conseguenza divenne vicario dell'abate di Cluny per tutti i priorati lombardi. Già nel marzo del 1081, pur risultando l'abbazia ancora in costruzione, vi abitavano, oltre ad Alberto, altri monaci. Molte risultano essere le donazioni per la sua edificazione nei suoi primi anni.

 

L'abbazia trae origine da un piccolo edificio ecclesiale, originariamente dedicato alla Madonna, ai santi Giacomo, Bassiano e Nicola e poi intitolato a san Giacomo il Maggiore donato da Alberto assieme ad altri beni ai monaci cluniacensi. Fu consacrato il 6 aprile 1095 dal vescovo Ottone di Imola. nel museo del monastero

 

Per un lungo periodo il monastero fu luogo di importanti attività sia culturali che economiche malgrado le guerre che devastavano i territori lombardi. Il monastero ebbe fin dalle origini un grande sviluppo, specialmente sotto la gestione di Teubaldo da Vimercate, inizi del XII secolo, che grazie alla sua vicinanza politica al comune di Milano ebbe numerosi benefici tanto da potere essere ampliato nel 1118. Nel 1122 l'abate Ponzio di Melgue di Cluny si ribellò al papa Papa Callisto II crearono all'interno nei monasteri cluniacensi il desiderio di una gestione autonoma, anche per non pagare più il censo a Cluny. La cosa divenne anche più impellente dopo la morte di Pietro il Venerabile nel 1156. Nel medesimo anno la città di Bergamo perse la guerra contro Brescia, ottenendo però dal vescovo Girardo da Bonate la protezione sui monasteri e il diritto di coniare le monete. In questo modo il monastero fu riparato dalla distruzione.

 

Il 7 aprile 1166, nel monastero furono stipulati gli accordi della I° Lega Lombarda tra i rappresentanti delle città lombarde tanto voluta da papa Alessandro III e già annunciata a Tommaso Becket, arcivescovo di Canterbury, dal cardinale Ottone di Brescia nel 1165, come confederationem autem si futura est in proximo audiemus, finalizzata alla lotta armata contro il Sacro Romano Impero di Federico Barbarossa.

 

Nel 1296 il monastero fu dato in commenda da papa Bonifacio VIII al cardinale Guglielmo Longhi che realizzò molti lavori di ricostruzione e ampliamento della chiesa e del monastero con i grandi chiostri. Malgrado non vi siano testimonianze ancora visibili di questa sua ricostruzione viene citata come mirun opus.

 

Il periodo di decadenza del monastero iniziò con le lotte tra i guelfi e i ghibellini che coinvolsero tutta la bergamasca. Il monastero nel 1320 fu occupato dal podestà di Bergamo che fece uscire i monaci i quali si dovettero spostare nellHospedale di Bergamo. La città dichiarò la sua ribellione all'occupazione viscontea, che culminò nel grave danneggiamento per opera di Bernabò Visconti nel settembre del 1373, che doveva sedare le rivolte pedemontane che non volevano sottostare alla sua signoria. I locali divennero sede militare, dopo che l'importante reliquia del braccio di san Giacomo era stata a Milano con molti arredi e la ricca biblioteca.

 

Il complesso fu ristrutturato dopo il 1491, quando il monastero passò all'ordine di san Benedetto di San Giustina da Padova il 26 settembre del medesimo da papa Alessandro VI in accordo con la Venezia  Il documento che sancivala fine dell'antico ordine cluniacense fu redatto il 17 ottobre 1491.

 

Seguì un nuovo periodo di sviluppo e di ampliamenti che portò alla costruzione di nuovi locali, di due chiostri e della sala capitolare.

 

Con il periodo napoleonico subì la soppressione e la conseguente dispersione di beni e clero entrando così in un nuovo stato di decadenza fino ai primi anni del XX secolo quando fu affidata nuovamente ai benedettini che ne curarono lo sviluppo materiale e liturgico.

 

La struttura abbaziale, originariamente fu edificata nell'architettura lombardo-cluniacense, di cui non rimane poca traccia, fu, infatti, oggetto nel corso dei secoli di diversi interventi manutentivi, di ristrutturazione e di ampliamento che ne hanno stravolto l'assetto originario di cui nulla è rimasto se non lo stile gotico interno, in netto contrasto filologico con l'aspetto neoclassico della facciata del 1830. Della chiesa originale rimangono pochi muri e qualche capitello, nonché resti della tomba del santo, poi altare maggiore della chiesa. Tutto il complesso è stato restaurato nel 1995 dall'abate Giustino Farnedi (1990-2003) in occasione del IX centenario della morte del fondatore Sant'Alberto.

 

La struttura risale essenzialmente al periodo rinascimentale in cui furono eseguiti importanti opere di restauro, ivi compresa la costruzione del campanile, portante sulla cuspide la statua di san Giacomo.

 

Della originaria struttura romanica sono rimasti alcuni capitelli siti nel chiostro che ingentilisce l'intera struttura piuttosto massiccia.

 

L'interno della sala capitolare è ornata da importanti affreschi del XVI secolo eseguiti da Antonio Marinoni con i suoi figli. La chiesa abbaziale fu elevata al rango di basilica minore da papa Pio XI nell'aprile del 1911. Il restauro del 1914 fu curato da Elia Fornoni.

 

Nel complesso è stato creato nel 1976 un piccolo museo che espone alcuni pregevoli reperti provenienti dalla primitiva abbazia, volunta da Alberto da Prezzate, e resti di quella trecentesca ampliata dal cardinale Guglielmo Longhi.

 

Nel museo sono esposti oltre a un polittico del XV secolo di anonimo raffigurante una Madonna col Bambino, il trittico raffigurante la Madonna della Misericordia e i Santi Giovanni Battista e Gerolamo, una Madonna in Gloria di Luca Martinelli, un San Benedetto di Carlo Ceresa oltre a una pala cinquecentesca, La Pentecoste, di incerta attribuzione.

 

Assieme alle opere pittoriche sono esposte alcune stampe e dei cimeli di arte sacra, tra cui la pala Pontecoste opera eseguita nella bottega dei Marinoni di Desenzano al Serio.

 

Secondo la tradizione, di cui per altro non vi è riscontro storico, si sarebbe tenuto, il 7 aprile 1167, presso l'abbazia il famoso giuramento di Pontida da cui nacque la Lega Lombarda in opposizione all'imperatore Federico Barbarossa.