Lì dove ora sorge il tempio di Atena, una volta vi era un altro tempio, di età più arcaica ma sempre in stile dorico, come confermano i reperti archeologici trovati durante gli scavi del 1912 e 1917. Si tratta di elementi architettonici, terrecotte e di una parte dell'altare, databili verso il VI secolo a.C.

 

L'Athenaion venne fatto edificare, secondo gli storici, dalla dinastia tirannica dei Dinomenidi provenienti da Gela e poiché il primo tiranno di Siracusa fu Gelone, a lui è attribuita la costruzione del tempio nel V secolo a.C.

 

Esaminando le analogie con il tempio della Vittoria che vi è ad Imera, gli archeologi sono convinti che sia il periodo che la storiografia vada collegata all'esito positivo per i siracusani avuto dalla Battaglia di Imera nel 480 a.C.

 

Il tempio era stato dedicato ad Atena, la dea della saggezza e della guerra. Ma alcuni viaggiatori storici del 1800 che hanno scritto del tempio, esprimono i loro dubbi su tale dedica a questa dea:

 

«Che questo tempio fosse proprio consacrato a Pallade, la sapiente figlia dell'Olimpio, è dubbio: la sua vicinanza alla fontana Aretusa lo farebbe piuttosto credere dedicato a Diana protettrice delle chiare, fresche e dolci acque, di quella celebre fonte, cantata dai poeti dell'antichità assai più di quello che dal cantore di Laura non fossero le sorgenti di Sorga, in Valchiusa. La tradizione però, poggiandosi in gran parte sulle attestazioni di Cicerone — che fu anche Pretore in Siracusa — nelle Verrine, lega questo tempio alla Dea del sapere.»

 

Alla dea del sapere era dunque consacrato questo tempio, Minerva o Atena, testimonianza che ci è data anche da Platone e da Ateneo di Naucrati.

 

Cicerone e il tempio di Minerva

Importante oratore e testimone di questo tempio fu il romano Marco Tullio Cicerone che ci ha lasciato grandi dettagli sulla sua composizione. Egli infatti racconta di come questo tempio fosse stato rispettato dal conquistatore di Siracusa, il generale e console Marco Claudio Marcello, e invece fosse poi stato oltremodo depredato dal pretore Gaio Licinio Verre:

«C'è un tempio di Minerva sull'isola, di cui ho già parlato, e che Marcello non ha toccato, lo ha lasciato pieno di tutti i suoi tesori e ornamenti, ma che così è stato svuotato e "attaccato" da Verre, che sembra essere stato nelle mani non di un nemico - i nemici, anche in guerra, rispettano i riti della religione e i costumi del paese, ma (nelle mani) di un qualche pirata barbaro. C'era la battaglia della cavalleria del Re Agatocle, perfettamente dipinto in una serie di figure, e con queste figure erano ornate le mura interne del tempio. Niente era più nobile di quei dipinti; Non c'era niente a Siracusa che valeva vedere di più.Queste figure Marcello, che con ogni sua vittoria prendeva tutto, non le toccò, impedito dalla sacralità (di esse); Questo (Verre), dopo la lunga pace e la lealtà dei Siracusani, li ha accolti come sacri e sotto la protezione della religione, portando via queste figure che sono rimaste inviolate per tanto tempo e che sono sfuggite a tante guerre, lasciando nude e deformate le mura.»

L'Athenaion era un tempio periptero esastilo (sei colonne in facciata) con 14 colonne sui lati lunghi, rispondente, nelle proporzioni al canone classico elaborato nella madrepatria greca. Il fronte presentava la contrazione degli intercolumni terminali, come soluzione canonica del conflitto angolare. Le misure complessive erano di 22 x 55 m. Il peristilio circondava una cella con pronao ed opistodomo, entrambi con due colonne in antis.

 

Il tempio fu riutilizzato come luogo di culto cristiano ed attualmente gli elementi costruttivi residui si trovano inglobati nelle strutture murarie del Duomo di Siracusa Attualmente ne restano visibili, sul fianco sinistro del duomo, alcune colonne e lo stilobate sul quale esse poggiavano, in calcare locale, mentre altri resti (tegole in marmo e gocciolatoi a forma di testa di leone) sono conservati nel Museo archeologico regionale Paolo Orsi. All'interno dell'attuale Duomo sono altresì ben visibili 9 colonne del lato destro del periptero caratterizzate da una entasi piuttosto accentuata, e le due antistanti la cella.