Conserva all'interno affreschi che vanno dall'ultimo quarto del XII secolo al XVI, importanti testimonianze della cultura pittorica spoletina. Alcuni di essi sono stati attribuiti ad Alberto Sotio.

La chiesa dei santi Giovanni e Paolo si compone di due edifici sovrapposti in comunicazione fra loro: il più antico, la cripta, è l'adattamento di una preesistente costruzione romana, avvenuto forse nel XI secolo; attualmente non è accessibile. Al di sopra venne costruita la chiesa, ad aula unica, con pietre conce e materiale di spoglio di epoca romana.

La facciata è semplice e lineare, il portale è stretto e lunettato, ed il rosone è posto all'interno di una cornice quadrata. Sul muro esterno di sinistra, sotto uno spiovente, si intravede un grande affresco, Madonna con bambino e quattro santi, datato XIII-XIV secolo, molto rovinato e ridipinto.

 

L'interno presenta un presbiterio rialzato, aggiunto nel Cinquecento, con al centro un altare ligneo e affreschi coevi realizzati da Piermatteo Gigli (n. 1533- m. ?), pittore locale, imitatore di Giacomo Santoro, e prelato che nel 1565 assunse la cura della chiesa.

 

I conti Travaglini, divenuti nel 1755 proprietari dell'omonimo palazzo adiacente, potevano assistere alla funzioni religiose da un palco a loro riservato all'interno della chiesa, raggiungibile grazie ad un passaggio interno al palazzo stesso.

 

Durante i lavori di sterro e risanamento svolti sul finire degli anni settanta, sono riemersi parti di pavimentazione e di murature di costruzioni precedenti, oltre ad un sarcofago in pietra protetto da una lastra.

Gli affreschi sono stati studiati per la prima volta da Umberto Gnoli nel 1923. Una loro descrizione completa si trova in Lamberto Gentili, Luciano Giacché, Bernardino Ragni e Bruno Toscano, L'Umbria, Manuali per il Territorio. Spoleto, 1978.

 

Sono stati restaurati malamente nel 1922 e nel 1926, ma in seguito sono stati liberati dai ritocchi e dalle ridipinture. Su pressioni dello stesso Gnoli nel 1925 venne approntata un'intercapedine allo scopo di salvaguardare gli affreschi della cripta dall'umidità.

Nella parete di fondo del presbiterio, in occasione di importanti restauri, Piermatteo Gigli dipinse Madonna in gloria con il Bambino incoronata dagli angeli e accompagnata dai santi, Giovanni Battista, Giovanni arcivescovo, Giuseppe, Giovanni martire, Girolamo, Antonio di Padova, Maria Maddalena e Paolo martire; nei laterali disegnò iscrizioni di argomento mariano; sotto il trono pose l'immagine del Cristo Passo e nella volta incorniciò gli Evangelisti. Come da lui stesso dichiarato ai funzionari di Maffeo Barberini nel 1610, trascrisse l'antico atto di consacrazione della chiesa in un'iscrizione sulla destra del presbiterio.