Il primo è il corpo longitudinale, a due campate quadrate coperte con volte a crociera e illuminate da piccole monofore strombate, che si innesta nella "rotonda" e sembra trapassarla prolungandosi nell'abside rettangolare coperta a botte.

Il secondo è la rotonda cilindrica e coperta a cupola, l'elemento dominante del complesso, alla cui base si aprono otto grandi finestre ad arco a tutto sesto, di proporzioni ancora romane piuttosto che romaniche, oltre ad un oculo circolare al sommo della cupola, come nel Pantheon di Roma. Per la compenetrazione dei volumi che lo caratterizza, è infatti proprio il Pantheon il modello imitato dal San Salvatore, per quanto nelle forme rustiche e di piccole dimensioni tipiche dell'Alto Medioevo.

La chiesa non ha ancora ricevuto una datazione unanimemente accettata (sec. XI?) a causa dell'eterogenea realizzazione delle parti che la compongono e che vengono attribuite a epoche diverse: più antica la rotonda (forse del sec. V) e più recente il corpo longitudinale (sec.XII), mentre il coronamento ad archetti della facciata è frutto di un restauro moderno. Gli scavi condotti tra il 1909 e il 1968 hanno accertato che l'edificio è costruito su di un'area già occupata da costruzioni di epoca romana databili intorno al sec. I d.C., costituite da una "domus" e da ambienti adibiti a funzioni termali. Soprattutto interessante - per la continuità che rivela - è il fatto che la rotonda circoscrive un ambiente antico conservandone l'orientamento e utilizzandone, per quanto ad un diverso livello, anche l'ingresso.

 

In epoche più recenti sul fianco sinistro del corpo longitudinale sono state aggiunte la cappella Manassei (sec. XIV) e la cappella Filerna (sec. XVII), oggi sacrestia, entrambe decorate da affreschi.