Secondo la tradizione, Umbertide fu ricostruita nel IX secolo o, secondo altri studiosi, nel X secolo, sotto il nome di Fracta filiorum Huberti o Fratta, non troppo distante dalla cittadina romana di Pitulum Mergens, le cui vestigia si ritiene si trovino nei pressi di Santa Maria di Sette. I primi documenti storici sulla Fratta risalgono al 12 febbraio 1189, quando il marchese Ugolino di Uguccione, signore di Castiglione Ugolino e di Fratta, sottoscrisse l'atto di sottomissione pacifica alla città di Perugia: tale atto di sommissione pose fine ad ogni tentativo di trovare alleati in Toscana.

 

Agli inizi del XV secolo Braccio da Montone sconfisse, nei pressi di Fratta, Cesare di Capua, all'epoca al servizio del re Ladislao di Napoli.

 

Successivamente fu a lungo contesa fra Perugia e lo Stato della Chiesa.

 

Umbertide vide molti dei suoi abitanti partecipare volontari con Garibaldi alle Campagne dei Mille e dell'Agro Romano (1867).

 

Ai primi anni del Novecento, poi ripreso negli anni Venti, risale il progetto di una ferrovia Umbertide-Forlì, che avrebbe dovuto accelerare lo sviluppo cittadino: purtroppo, prima a causa dello scoppio della prima guerra mondiale poi per questioni di veti locali, il progetto non decollò.

 

La mattina del 25 aprile 1944, nel corso di un primo tentativo di bombardare il ponte sul Tevere da parte degli alleati anglo-americani, diverse bombe caddero sulla parte più antica della cittadina, il quartiere medievale di S. Giovanni (proprio in prossimità del ponte), uccidendo settantaquattro persone. Il ponte fu poi distrutto nel bombardamento pomeridiano. L'aereo sganciò tre bombe, una esplose distruggendo il ponte, la seconda venne ritrovata inesplosa poco dopo la fine del conflitto, la terza venne ritrovata nel marzo 2003 da un pescatore lungo le sponde del fiume con le spolette ancora intatte. La bomba è stata fatta esplodere in una cava.